堪比婆娑步_单细胞速率分析

这个暑假，世人有幸识得李相夷，他修的一手精妙绝伦的相夷太剑，端得一身正气凛然的扬州幔内功心法，独创婆娑步更是堪称功法一绝，蹈空蹑虚，踏雪无痕。出走半生，以李莲花的身份归来的他不为世俗所累，坚韧宽容。不管是天才少年李相夷还是佛系无为的李莲花，都在这个仲夏圆了我们的江湖英雄梦。

心中的李相夷或许会随着暑假悄然淡去，但是积极面对人生的热血犹存，我们联川星云积极筹备两个月，终于在9月上线了单细胞版的婆娑步，速率分析。

先上几张美图，让大家感受一下“单细胞婆娑步”的丝滑。

细胞的分化，以及从分化的角度去看细胞亚型之间的变化，是单细胞研究的一个很重要的部分。这个切入点不但能够丰富我们的文章内容，更可能为我们找到重要的细胞亚群。

星云的速率分析选用了当前分析最可靠也最快的速率分析软件scVelo，给老师们提供最极致的体验。不管老师之前是否了解速率分析，看完这篇推文，一定会知道该怎么选分化分析了。

研究分化的软件很多，其中scVelo算是使用频率比较高的软件，下面我们来浅谈一下吧！

在讲scVelo的时候，这边就不得不提一下monocle2。monocle2使用的是DDRTree算法，该算法不断更新顶点位置以适应全局的细胞分布，生成新的生成树，不断迭代直到树和细胞的位置收敛。从而完成高维空间在保留最大的细胞特征的前提下，映射到了低维的空间，从而完成分化分析。老师们在看到这段文字的时候，肯定会有一个疑惑，就是数据在进行高维向低维的转化过程中，会不会有过拟合，这个结果的可靠性怎么样？

带着这个疑问，我们再来看scVelo的分析软件，这款软件也需要将高维的细胞降维到低维，软件统计的信息是成熟转录本和未成熟转录本的信息，从而计算细胞间定向的动力学信息。推测成熟和未成熟转录本稳态比率有两个基本假设：(1)在基因水平上，捕捉到是转录诱导、抑制和稳态mRNA水平的完整剪接动态；(2)在细胞水平上，所有基因都有共同的剪接率。
综上，两种结果的原理，都有各自的可靠性，也有各自的弊端，我们改选哪个呢？

还记得那个鸡汤不，成年人不要选择，我们都要！这个时候，选哪个不重要，黑猫白猫，能说清楚生理学故事的就是好分析。当我们面对各种各样的分析软件的时候，先不要纠结，都测一遍，再回归生理学角度去解读，没有更好，只有更适配。

下面附上scVelo的经典图，速率分析的箭头可以有分化方向的动力学指示，如果您正在研究细胞亚群的分化，不妨试一试哦！

来联川星云吧，您想要的分析我们这里都有，给您极致的分析体验，一直是我们不懈的追求。

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